Facile : le labo est climatisé, mon bureau non...
Sciences de la vie
Tout ce qui a trait à la biologie, mon boulot entre autres...mardi, juillet 11 2006
Comment se motiver pour bosser à la paillasse par cette chaleur ?
Par Flore le mardi, juillet 11 2006, 12:35
vendredi, octobre 28 2005
Pubmed et le RSS
Par Flore le vendredi, octobre 28 2005, 16:04
Pubmed est le site de référence pour les médecins et chercheurs en sciences de la vie. Cette gigantesque base de données recense tous les articles parus dans tous les parutions biomédicales depuis les années 1950 (exemple : L'article de Watson et Crick). Il est mis à jour quasiment en permanence, est utilisé chaque jour par des milliers de chercheurs, de médecins, d'étudiants. Je l'ai toujours trouvé ergonomique (et ça s'améliore) : il y a quelques mois arrivait My NCBI qui permet de sauvegarder des recherches et apportait des filtres personnalisés (les miens sont : english, free full text, full text, review).
Depuis quelques jours, Pubmed a mis en place des fils RSS, l'énorme intérêt de ces fils, c'est que chacun les crée selon ses besoins et ses envies. On fait une recherche pubmed et on l'enregistre en fil RSS : terriblement simple et bien expliqué sur la page d'accueil.
D'accord... Mais quel intérêt pour le chercheur ?
- Eh bien, on fait souvent les mêmes recherches : pour savoir ce qui est publié sur notre sujet.
- Avoir les titres (et abstracts) des articles parus récemment dans telle ou telle revue.
- Suivre les publication d'une personne ou d'un groupe.
Donc, ces fils RSS personnalisés permettent d'automatiser ces recherches et de les lancer d'un clic. Si on s'y prend bien, on gagne un temps précieux et on gagne aussi en exhaustivité dans nos recherches puisqu'on peut les faire plus régulièrement et avoir moins de résultats à traiter à la fois. Cela étant, ça ne remplace pas une recherche bibliographique sur pubmed, puisque par définition, on n'obtient dans le fil RSS que les articles les plus récents. Par exemple, j'ai créé quelques fils de recherche simple et quelques un pour voir les nouveaux articles dans Hypertension, Am J Hypertens, J Clin Hypertension, J Hypertens...
Oui, ça a l'air intéressant, mais comment les lit-on ? Eh bien, il existe différents logiciels qui gèrent ces fils d'information :
- Firefox (Depuis le temps que je dis que c'est l'outil indispensable du biologiste) seul ou avec l'extension sage.
- Thunderbird : on lit le fil RSS comme un mail.
- Feedreader : logiciel libre pour windows.
- RSSOwl : logiciel libre pour windows, macOSX et Linux.
- Liferea : logiciel libre pour Linux (Gnome).
- Safari 2.0 sur MacOSX Tiger.
- MacReporter : shareware pour macOSX (15$) trouvé via cuk.ch.
- NetNewsWire : shareware pour MacOSX (25$).
mardi, mars 29 2005
Peanuts
Par Flore le mardi, mars 29 2005, 16:01
J'adore Snoopy et les Peanuts (ceux qui me connaissent le savent bien ;) ), et je lis tous les matins un gag sur le site web officiel. Comme Charles M. Schulz est mort en 2001 :'( et a refusé que les Peanuts soient repris, ce ne sont donc pas des inédits, mais il en a écrit tellement que j'en découvre souvent des nouveaux. Celui d'aujourd'hui (publié pour la première fois le 25 mars 1969), je ne l'avais jamais vu :
Pour ceux que l'anglais rebute, voici la traduction :
- Linus :
Charlie Brown, je crois savoir pourquoi nous perdons tant de matches de base-ball
- Linus :
Tu sais sans doute qu'une perte de sodium et d'eau due à une transpiration excessive provoque une diminution du volume sanguin circulant et finalement à un collapsus veineux...
- Linus :
Voilà comment je le vois, Charlie Brown, notre problème c'est l'
hyponatrémie
! - Charlie Brown :
Ce n'est pas un joueur de seconde base que j'ai, mais un un médecin !
hyponatrémie : taux de sodium inférieur à la normale
J'ai beaucoup ri, parce que j'ai quand même bossé 5 ans à la division d'hypertension à Lausanne...
mercredi, janvier 12 2005
Firefox pour les biologistes (bioFOX)
Par Flore le mercredi, janvier 12 2005, 14:39
Je viens de découvrir bioFOX : une nouvelle extension spécialement dédiée aux biologistes qui manipulent sans arrêt des séquences protéiques ou nucléotidiques... Les fonctions 1-clic sont extra : filtrage de séquence (enlève la numérotation), traduction sur 3 phases, lancer un blast à partir de la séquence ; forcément ces fonctions ouvrent un nouvel onglet en arrière-plan ce qui permet de continuer à travailler sur la même page pendant que la séquence est traitée... Le filtrage ouvre une petite pop-up avec la séquence filtrée.
Bref, un must-have. Déjà plusieurs personnes du labo ont été séduites par ces fonctionnalités et vont installer Firefox ;) .
mercredi, juillet 21 2004
Firefox : le compagnon du biologiste moléculaire
Par Flore le mercredi, juillet 21 2004, 15:51
Pourquoi ?
Parce que le biologiste qui utilise Firefox a désormais a sa disposition la Biobar. A savoir une barre d'outils qui s'intègre à Firefox sous la barre des marque pages et offre un accès direct à la recherche dans 18 sites importants (EMBL, Expasy, NCBI...) dans de très nombreuses bases (pubmed dans le NCBI, swissprot dans Expasy...). Et comme cela amène directement sur le site concerné, ça peut aussi servir de réservoir de marque pages.
Cette barre est très facile à installer (un petit clic sur le lien installation, on redémarre Firefox et voilà). Elle est sous licence MPL, à savoir chacun peut la modifier, la redistribuer librement.
Et voilà comment on se simplifie la vie de labo : en utilisant de bons logiciels libres et gratuits ;)
mercredi, février 18 2004
L'hormone du jour
Par Flore le mercredi, février 18 2004, 14:31
Aujourd'hui l'ACTH : AdrenoCorticoTropic Hormone. Rien à voir avec les tropiques malheureusement ;('
Elle vient d'apparaître au détour d'un schéma innocent et je n'ai toujours pas compris ce qu'elle y fichait, ça m'énerve ! Ça bidouille des trucs louches avec l'angiotensine II dans les glandes surrénales et ça sort de l'axe hypothalamo hypophysaire...
Un jour, je me vengerai !
jeudi, février 5 2004
Petite pause
Par Flore le jeudi, février 5 2004, 15:29
A vrai dire, j'en ai un peu marre de raconter la vie secrète (et ô combien passionante) des reins.
Les voyages des ions (à côté Gulliver était un sédentaire)
Les marées dans le néphron (à côté la baie du mont saint Michel c'est rien)
Les échanges des ions "je t'échange 3 sodium contre 2 potassium", on croirait des pokémons.
Ces saletés d'hormones qui portent jamais le même nom.
Le thé est fortement diurétique, mais que fait l'ADH ?
Il me reste encore plein de jolis dessins à refaire.
Les calculs à la noix qu'on ne peut pas s'empêcher de faire : surface d'échange dans un néphron : 1m2, 1 million de néphrons par rein, 2 reins par personne soit 2km2 ; Ça me fait une belle jambe !
lundi, décembre 1 2003
Boulot
Par Flore le lundi, décembre 1 2003, 15:24
Un petit aperçu de mon travail du moment
Qui a dit Alien ?
mercredi, septembre 10 2003
N'importe quoi
Par Flore le mercredi, septembre 10 2003, 12:55
Cette nuit, notre incubateur à bactéries s'est pris pour un four à pizza et a transformé mes 4 boîtes de Pétri en sculptures modern-art tendance caramel mou :/. Pourquoi moi ? Si par hasard, les bactéries avaient eu dans l'idée de pousser, l'incubateur s'est chargé de ces revendicatrices de la libre-poussée. Vaut mieux en rire qu'en pleurer !